Kepala SMA Negeri 12 Jakarta bapak Drs. Djoko Waliadi memberi tugas kepada ibu Wijasti Trihadi, BA. dan dibantu Bapak Drs. Wasis Ekyono mengelola SMA Negeri 12 Jakarta kelas jauh mulai tahun pelajaran 1979 yang berlokasi di Jalan Bulak Timur I/10-11 Klender Jakarta Timur.

Seiring perjalanan waktu pada tanggal 5 Maret 1982, SMA Negeri 12 kelas jauh melepaskan diri dari induknya SMA Negeri 12 Jakarta dan menjadi SMA Negeri 59 Jakarta. SMA Negeri 59 Jakarta memiliki satu ciri khusus yaitu memiliki dua gedung (utara dan selatan) yang dibatasi oleh jalan raya (Jalan Bulak Timur I). Pada tahun pelajaran 2003/2004 tepatnya bulan September 2003, SMA Negeri 59 Jakarta direhab total dengan kapasitas 27 lokal (ruang) belajar ditambah fasilitas ruangan lain untuk kegiatan-kegiatan kesiswaan. Berpijak dengan ciri kekhususannya dengan dua gedung karena lokasi jalan raya, muncul juga ciri khas berikutnya yaitu memiliki jembatan yang menghubungkan gedung utara dan selatan tepat di atas Jalan Bulak Timur I. Tidak belebihan, kalau SMA Negeri 59 Jakarta menjadi unik.

Kemajuan dan perkembangan SMA Negeri 59 Jakarta tidak terlepas dari hasil kerja keras yang memimpin sekolah ini :

• Ibu Z. Wijasti Trihadi, BA. ( 19 Juli 1982 – 29 Juni 1983 )
• Bapak Drs. Imam Subana ( 29 Juni 1983 – 5 Juni 1990 )
• Bapak Drs. Obing ( 5 Juni 1990 – 15 Juni 1993 )
• Bapak Drs. Emon Rukmantara ( 15 Juni 1993 – 15 Juli 1997 )
• Bapak Drs. Tamsis Abu Mahasin ( 15 Juli 1997 – 15 Juli 2001 )
• Bapak Drs. H.M. Chalid, MM. ( 15 Juli 2001 – 2 Mei 2003 )
• Bapak Drs. Harapan Situmorang ( 2 Mei 2003 – 15 Mei 2005 )
• Bapak Drs. H. Subijanto ( 15 Mei 2005 – 13 Juli 2009 )
• Ibu Dra. Hj. Hastuti Rostyaningsih, MM. ( 13 Juli 2009 – 01 Oktober 2012 )
• Bapak Drs. H. Sukarmo, M.Pd. ( 01 Oktober 2012 – 25 Maret 2014 )
• Ibu Setiawati, M.Pd. ( 25 Maret 2014 – 17 September 2015)
• Ibu Dra. Rukmini Satiti, M. Pd. ( 17 September 2015 – Juli 2019)
• Bapak Drs. Marihot Malau, M.Pd (Juli 2019- sekarang)